DNAシーケンスはすごい！

とうとう長年懸案だった遺伝子解析の技術を内製化した。
香川大学創造工学部や香川大学大学院創発科学研究科、国立研究開発法人産業技術総合研究所四国センターの支援なしではなしえなかった。以前はプライマーって何？というレベルだったが近頃は原理もなんとなく分かってきた。もともと小生の専門は電気工学で他人からすると電気なんて見えないからよくわからん？！といわれたが、小生からすればDNAがパッと見、見えないからよくわからない。

さて、よく論文にカワバタモロコのプライマーとして、L14724 (50 -TGACTT- GAARAACCAYCGYYG-30 ) (Palumbi et al. 1991) と H15915 (50 -ACCTCCGATCTYCGATTACAAGAC-30 ) が使われていたので、これはカワバタモロコに特異的なプライマーなのか？と思っていたが、師匠のアドバイスは「フナのDNA抽出にも全く問題はない」とのことだった。

早速試してみると、香川のとある池のフナの塩基配列は、

>PC-PREMIX_ID1
NNNNNNNNNTNNNTNGGGCAAGCTCATTTCAGTGCTTTATTTTCTAATCATCCTGCTAGCGGGAAGAGGACGAGGAATAGTGCGAAATATAAGACGGATGCGATTTGTCCAATGATAATAAATGGGTGTTCTACTGGTATTCCTCCAATTCATGTTAGGATAATCATGTCTGCTACTAAAGTTCAAAATAGGAACTGGGTAATTGGGCGAAATGTTAGTCCTCGTTGTTTTGAGGTGTGTAGTAGGGGTACTACTATTAGTACAAGGATAGAGAACAGTAGTGCAAGAACTCCTCCTAGTTTATTGGGGATTGATCGGAGGATGGCATAGGCAAATAGGAAATATCACTCTGGTTTAATGTGAGGGGGAGTAACCAGGGGATTGGTGGGGGTGAAGTTTTCTGGGTCTCCTAAAAGGTTTGGGGAAAATAATGCTAGAAGTGTGAGGGCTAGTAGTATAATTACGAACCCAAGGAGGTCTTTGTATGAAAAGTATGGGTGGAAAGAAATTTTGTCTGCGTCCGAGTTTAGCCCGATGGGGTTGTTTGATCCTGTTTCGTGAAGAAACAGTAGGTGGATAACAGTAGCGGCAGCGATAATAAATGGTAGGAGGAAGTGAAATGCGAAGAATCGTGTTAATGTTGCATTATCTACGGAGAAGCCTCCTCAAATTCACTGAACTAACATATCTCCTATATATGGTACGGCGGATAGGAGGTTTGTAATTACTGTGGCGCCTCAAAAGGATATTTGTCCTCATGGAAGGACATAACCTACAAAAGCTGTTATTATGACTAGGAGTAGGAGGACTACCCCAATGTTTCAGGTTTCTTTGTAAGGTACGATCCATAGTATAGGCCTCGGGCNATATGTATATAATACAGATGAANAAGAATGATGCTCCTTAGCGTGATGTNCGGATTAGTCNNCCGTAATTNNNTCCNGGNNATNTGNTGNNNAAGNCNTGCNTTGAATGCNGAGTGNATGANAGNAGAANNGCCGGTAAATTGAGGATAACCTANCCANCNAANNAANTCTCANNNNAGNTGGA

と、確かに配列を知ることができた。興味のある人は、ぜひBLASTにかけて頂きたい。

1.5ｍｍ片のヒレから種名を的中させて、遺伝的集団構造を探ることができるDNAシーケンスはすごい！
次は遺伝子多様度の算出だ。

参考文献
Palumbi S, Martin A, Romano S, McMillian WO, Stice L, Grabowski G (1991) The simple fool’s guide to PCR. ハワイ大学, ホノルル