2025-01-04 / 最終更新日時 : 2025-03-05 akaza R 備忘録＃2 主成分分析 県内ため池等20地点で、定期的に集め続けたカワバタモロコと共生生物種、環境要因のDATAが蓄積されてきた。2月までDATAを取得すると1年間分になるため、その情報を数理統計的に解析して論文としてまとめたい。 繰り返し […]
2024-06-09 / 最終更新日時 : 2024-06-09 akaza R 備忘録＃1 若いころより覚えが悪くなってきた。コードも以前のようにスラスラ書けない。というわけで、Rで全長などの分布を調べるコードを備忘録として残しておいてみる。 rm(list=ls())library(dplyr)librar […]
2024-04-18 / 最終更新日時 : 2024-06-09 akaza R クラスター分析（Ward法）をやってみた＃1 生物群集解析をやってみた＃2の続きで、ふと思ったのでクラスター分析をやってみた。クラスター分析はデータ解析方法の一つであり、何の区別もされていないデータの集まりを、類似した性質でグループ（クラスター）に分けるやり方。似 […]
2024-04-15 / 最終更新日時 : 2024-06-09 akaza R 箱ひげ図を描いてみた＃1 今年はフィールドに出ては、せっせとDATAを集めている。そのうちのひとつがカワバタモロコの全長計測だ。観察ケースに個体を入れて目盛りを読み取っていく。水温も上昇する中、時間が勝負の作業だ。研究室に持ち帰ったそのDATA […]
2024-03-24 / 最終更新日時 : 2024-06-09 akaza R 多次元尺度法をやってみた＃1 多変量解析を行う際に、主成分分析は多変数データの情報を要約し、その本質を捉えるためのツールとなる。分散が最大となる方向を見つけ出し、それを新たな軸としてデータを変換することによって、データの次元を減らすことが可能となり […]
2024-03-20 / 最終更新日時 : 2024-06-09 akaza R 生物群集解析をやってみた＃2 生物群集解析をやってみる＃1の続きで、Bray-Curtis指数、Horn指数、森下指数、jaccard指数、Chao指数による解析をやってみた。jaccard指数は、存在/不在データに適用される指数だ。こうして並べて […]
2024-03-18 / 最終更新日時 : 2024-06-09 akaza R 生物群集解析をやってみた＃1 類似度指数を用いた生物群集解析に最近ハマっている。群集生態学の研究では、生物群集構造の比較解析が群集動態把握の基礎となる。複数の生物群集間の構造を比較するには、群集類似度指数を用いた解析が行われることが多い。類似度とは […]
