クラスター分析（Ward法）をやってみた＃１

　生物群集解析をやってみた＃2の続きで、ふと思ったのでクラスター分析をやってみた。クラスター分析はデータ解析方法の一つであり、何の区別もされていないデータの集まりを、類似した性質でグループ（クラスター）に分けるやり方。似たデータ同士でクラスターを形成していくと、最終的に一つの樹形図（デンドログラム）ができる。

さっそく実行、Rを使えば数行だ。MDSでは、St.BとSt.FとSt.Gが似通っていることになったが、クラスター分析では違った様相を見せている。というわけで、2つの結果を考えることになる。多くの数字の羅列から傾向分析ができる多変量解析は興味深いが奥が深い。

※Rコード

rm(list=ls())
data<-read.csv(“table0.csv”,header=TRUE,row.names=1)
dis<- dist(data)
cl<-hclust(dis,method=”ward.D2″)
plot(cl)